Eschatos sijoittuu 22. vuosisadalle, jossa salaperäinen orgaaninen alieeni aine - joka tunnetaan vain nimellä Purple Erosion - on vallannut Kuun. Alienit ovat peittäneet 75% Kuun pinnasta ja hyökkäävät maahan. Pelaajan tehtävänä on pysäyttää hyökkäys taistelulaivalla, joka kykenee hyökkäämään ja